先自白一下我的情况：对于咖啡烘好后，装在密封罐后变酸的情况，我真的体会很深刻。我原本习惯把烘好的咖啡豆用玻璃罐密封起来，却没考虑玻璃罐太大，顶空过多，加上可能罐内空气含有过多水份，几天后开罐，总发现咖啡酸度变高了，香气变淡了；相对的，如果我只用透明密封袋装豆子，却不会有这种情况。有人告诉我那是罐子没有透气孔让CO2排出罐外，让咖啡豆把CO2吃回去了所致，然而真正的原因，我在《咖啡的科学》这本书中找到了。
使用罐子来保存豆子，不论有无单向透气孔，一定要注意顶空（head space)的问题，最好装好装满，宁愿开罐时“啵”一声，也不要打开后飘出一阵酸味。或许这也可以解释用单向透气袋来保存豆子，比装罐保存更容易帮豆子保鲜的原因。
以下内容参考自旦部幸博的《咖啡的科学》（Page 185~188)
烘焙后的经时劣化
即便是原本很好喝的咖啡豆，在经过一段时间后，会变得不再膨胀，风味也会愈趋劣化，通常我们会说这是“因氧化使咖啡变难喝”。但烘焙豆的劣化可大致区分为三种类型，严格来说，与氧化相关的只有其中一种（酸败）。 其他两种可比酸败来的更加重要。
变味
烘焙时形成的绿原酸内酯及奎宁酸内酯与水分子反应后，会相当容易加水分解， 复原为绿原酸及奎宁酸， 让酸碱值降低且变酸。这虽然是水分较多时才会产生的反应，但由于过程速度相当快，若是置于保温炉上的咖啡只需要数十分钟，烘焙豆吸湿过后也只要在常温放个1~2天就可以察觉其中的变化。
香气与气体损失
在烘焙完成后不久，碳酸气体会随着香气成分从咖啡豆中消失，挥发性愈强的香气成分消失速度愈快，使得原本拥有纤细香气的咖啡失去既有特质，变得平凡无奇。此外，不带气体的咖啡豆即便倒入热水也不易膨胀，由于豆子的组织变得“难以打开”，导致成分萃取效率变差，在水分过少的条件下，香气与气体损失是最快出现的劣化，10～15天的常温环境便可察觉出其中变化。这也是为何非常重视品质的自家烘焙店都会跟消费者说“烘焙后两周内的咖啡豆最美味”。
酸败
当形成油脂的脂肪酸与空气氧化后，会形成不饱和度（分子中多重键的比例）较高的脂肪酸，这些脂肪酸经氧化后，会被分解成6～9个碳元素不等的短链脂肪酸， 出现油臭味（酸败味，腐臭味）及降低酸碱值，这虽然是氧化造成的劣化， 但进行速度出乎意料地缓慢，据说要产生差异至少需在常温环境中经过7～8周。
烘焙豆的保存法
劣化的原因整理出来后，自然而然可找出解决办法：
1）避免吸湿，
2）避免气体排出，
3）避免氧化，
就比较能长时间让咖啡保持美味。若能让咖啡豆保存于气密状态（阻隔气体进出），就能满足上述所有条件。
由于变味及酸败较容易发生于高温中，因此将咖啡豆置于低温环境不仅相当有效，以真空包装阻氧气或使用脱氧剂对于遮光及防止氧化都有极大的帮助。然而，究竟该以怎样的方式保存咖啡豆，其实会依“要如何使用这些咖啡豆”有所不同。但气密性佳的袋子也曾因产生碳酸气体导致破裂发生，因此要以这种包装流通于超市等通路反而会造成不便。而真空包装，或是采用单向排气阀构造（能将碳酸气体排出的包装），便可解决物流上特有的问题，同时更是能稳定维持品质数个月不变的技术。此外，还可以看见在烘焙完立刻将咖啡豆装入宝特瓶的方法，能使宝特瓶内呈现高压，减缓气体泄漏，让我们更能长时间享受香气表现优异的咖啡。
来源：凹仔底烘豆人